Stage Ingénieur ou M2 data science US

Date de l'annonce : lundi 15 février 2021

Intitulé du poste : Stage Ingénieur ou M2 data science US

Type de structure : UFR de Médecine | iBrain UMR INSERM U1253 « Imagerie et Cerveau » - Eq. 3 IBT – TOURS, France
https://ibrain.univ-tours.fr
Service de Neurochirurgie, Hôpital Bretonneau, CHRU de Tours, France.

Contexte et mission :

CONTEXTE
Nous développons au laboratoire INSERM imagerie et cerveau (iBrain) une méthode d’imagerie par ultrasons pour l’aide à la chirurgie des tumeurs cérébrales. Nous mesurons la vascularisation des tumeurs juste avant l’acte chirurgical en per-opératoire à crâne ouvert au bloc de neurochirurgie du CHRU Bretonneau à Tours. L’image de perfusion que nous obtenons est fusionnée sur une image échographique mode B afin d’obtenir une image mixte sur laquelle nous déterminons manuellement les contours de la tumeur à enlever lors de la chirurgie. Une petite partie du tissu cérébral qui entoure la tumeur est aussi enlevée comme marge de sécurité. Il est important pour le neurochirurgien de déterminer le plus précisément possible l’étendue de cette zone d’infiltration péri-tumorale afin de délimiter au mieux la quantité de tumeur/tissu cérébral à enlever lors de la chirurgie.

MISSIONS
Ce stage fait partie du projet de l’échange d’expertises « DEMAISED » démarré en Janvier 2021 soutenu par France Life Imaging (FLI) entre l’Inserm U1253-iBrain – Université de Tours et l’Institut de Recherches en Informatique de Toulouse (IRIT) – Université de Paul Sabatier.

Programme de travail en Data Science
Le/la stagiaire sera intégré/e au thème ultrasons de l’équipe Imagerie Biomarqueur et Thérapie de l’UMR INSERM iBrain à Tours.

1. Il participera au développement des nouvelles méthodes qui seront évaluées pour la segmentation automatique de la tumeur/zone péritumorale/cerveau sain sur l’image fusionnée Bmode/perfusion. La performance de la segmentation sera évaluée en comparaison à la vérité terrain réalisée manuellement par le neuro-chirurgien.
2. Des méthodes d’imagerie US des flux lents ont été développées très récemment. Nous souhaitons lors de ce stage, imaginer et développer des méthodes de micro-localisation de PCUS permettant d’augmenter la concentration en bulles et réduire ainsi le temps d’acquisition des données permettant de reconstruire l’arbre vasculaire de la tumeur.

Les algorithmes seront évalués à partir d’images médicales ultrasonores de simulation développées par le stagiaire. L’analyse in vitro et in vivo de la méthode sélectionnée se fera à Tours avec un échographe programmable. Un encadrement de proximité sera réalisé par deux étudiants en thèse au laboratoire.

Lieu : UMR Inserm U1253 « Imagerie et Cerveau » UFR de Médecine, 10 bd Tonnelle, BP 3223, F-37032 Tours cedex 1 Tél : +33(0)2 47 36 62 22

Rémunération : Durée 5 à 6 mois de stage - INDEMNITE DE STAGE : Tarif en vigueur (autour de 550€ par mois, soit 3300€ pour le stage complet de six mois)

CONTACTS :

Diplômes requis : Etudiant en 5ème d’école d’ingénieur ou Master 2 recherche intéressé par le domaine médical avec une bonne connaissance dans un ou plusieurs des domaines suivants : Mathématiques appliquées, traitement de l’image et traitement du signal.

Compétences requises :