Stage de M2: Développement des méthodes d'analyses bioinformatiques de données ribo-seq

Stage de M2: Développement des méthodes d'analyses bioinformatiques de données ribo-seq

Stage·Stage M2·6 mois·Bac+4·PACA Bioinfo (Laboratoire Information Génomique et Structurale - UMR 7256)·Marseille cedex 9 (France)

Contexte et objectifs du stage

Depuis la caractérisation de mimivirus en 2003, plusieurs virus géants ont été découverts, donnant lieu à la création de diverses familles. Parmi elles, celle des Pandoraviridae regroupe certains des plus gros individus avec une particule de 1.2 µm, un génome d’ADN double brin d’environ 2.5Mb contenant presque 2000 gènes dont 85% sont de fonction inconnue. L’étude de ces génomes a montré que beaucoup de ces gènes pourraient correspondre à des gènes créés de novo à partir de régions non géniques. Le laboratoire IGS tente de comprendre comment les Pandoraviridae créent de nouveaux gènes et l’impact sur leur évolution et leur physiologie (projet PandoNovo ANR-22-CE12-0041). Une des étapes consiste à comprendre comment et quand ces gènes sont traduits lors du cycle infectieux.

Pour cela, le laboratoire s’appuie sur l’analyse bioinformatique à grande échelle du « traductome » du virus et de son hôte grâce à deux méthodes : le profilage ribosomique (ribo-seq) et la protéomique par spectrométrie de masse à haut débit. Pour l’approche ribo-seq, 18 échantillons ont été séquencés (6 points du cycle infectieux prélevés en triplicats). Les ARNm ont été isolés avec leurs ribosomes, puis digérés en conservant les zones protégées par ces derniers. Ces séquences préservées ont été séquencées par la technologie Illumina.

Le profilage ribosomique des ARNm au cours du cycle infectieux permettra de cartographier l’occupation des ribosomes et de caractériser en même temps la traduction des gènes de l’hôte et du virus géant. Ceci permettra aussi de mettre en évidence les éléments régulateurs de la traduction. À plus long terme, l’analyse de ce type de données pourra être étendue à d’autres familles de virus géants présentant un cycle de réplication différent.

Au sein de la plateforme PACA-Bioinfo, le/la candidat(e) recruté(e) aura pour objectif de mettre en place les techniques de traitement et d’analyses bioinformatiques de données de « ribo-seq » au travers d’une étude ciblée d’un virus géant et de son hôte. Il/Elle évoluera dans un environnement interdisciplinaire où il sera nécessaire de comprendre la biologie des organismes étudiés ainsi que les aspects informatiques pour la manipulation des données dans un contexte hautement technique. Il/Elle identifiera les programmes les plus performants et les mieux adaptés pour cette étude, les mettra en œuvre sur les données disponibles et, si possible, fournira un pipeline de traitement transposable à d’autres expériences. Dans une démarche de type projet, il/elle mènera l’analyse des résultats et les présentera au responsable scientifique. Il/Elle suivra et participera à l’intégration du nouveau type de données dans l’écosystème du laboratoire en adéquation avec les principes FAIR de science ouverte.

Profil recherché

Le/La candidat(e) aura de préférence un parcours intégrant de la bioinformatique et/ou de la bio-analyse ou un fort attrait pour l’une de ces disciplines. Il/Elle devra être autonome et montrer un réel intérêt pour les aspects de développement informatique à visée bio-analyses.

Procédure : Envoyer un email à santini@igs.cnrs-mrs.fr

Contact : Sébastien Santini

Offre publiée le : 16 octobre 2024, affichage jusqu'au : 16 décembre 2024