Responsable Hospitalité (H / F)

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Ouvrier du Bâtiment • Le Mans

Dernière mise à jour : il y a 1 jour

Description de poste

Les objectifs de l’unité Microbiologie, Aliment, Santé, Environnement (MASAE) sont d’étudier la diversité et l’évolution des micro-organismes d’origine anthropique ou marine présents dans le milieu littoral et dans les aliments d’origine marine pour comprendre leurs effets sur la qualité / sécurité microbiologique des produits qui en sont issus.

Au sein de l’unité, le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM) développe des activités de recherche relatives aux micro-organismes pathogènes pour l'homme (essentiellement virus et bactéries) dans le continuum terre-mer et les coquillages, pour en comprendre les mécanismes de transfert, persistance, ou émergence au sein de l’environnement littoral. La recherche effectuée au LSEM, située à l’interface de la santé humaine et de la qualité microbiologique du littoral s’appuie sur des activités de référence (le LSEM est laboratoire national de référence (LNR) pour la microbiologie des coquillages), et de connaissance de la qualité sanitaire du littoral (le LSEM coordonne le REMI pour la surveillance microbiologique des coquillages et les études sanitaires).

Placé(e) sous la responsabilité hiérarchique de la responsable du LSEM, vous participerez au projet de recherche au sein du consortium OBEPINE 'Etude de la diversité génomique du virus de l'hépatite E et des norovirus dans les eaux usées urbaines et d'abattoir, mis en place en collaboration avec l'université de Nancy (LCPME).

Missions principales

Le projet vise à mettre en œuvre des développements méthodologiques et à apporter des données sur les souches de virus de l'hépatite E (VHE) et NoV circulant dans les populations humaines et porcines, par l’exploration des eaux usées. Il pourra servir de «preuve de concept» et de base technique pour des projets ultérieurs du projet Obépine+ sur l’épidémiologie du VHE, des NoV ou d’autres virus zoonotiques issus d’animaux d’élevage.

Ces travaux se dérouleront sous la direction scientifique des chercheures du laboratoire en collaboration avec les partenaires du LCPME, université de Nancy, qui mettront au point les approches pour le VHE.

Activités principales

• Développer des méthodes de concentration de particules virales et d'extraction / purification des ARN viraux à partir d'eaux usées très turbides et de grands volumes de travail, en portant une attention particulière à l'élimination des inhibiteurs des enzymes d'amplification.
• Optimiser des approches de métagénomique ciblée pour la caractérisation des génotypes de NoV dans les eaux usées. Il s’agira de sélectionner les couples d'amorces les plus performants pour amplifier la région de typage des NoV, et mettre au point une méthode sensible, évitant la production de chimères, et si possible quantitative, en utilisant des échantillons artificiels de composition connue.
• Appliquer la méthode sur des ARN extraits d’eaux usées urbaines ou d’abattoirs, à partir de petits ou grands volumes. Les produits de PCR ainsi obtenus seront séquencés par deux techniques : Illumina et MinIon (Oxford Nanopore), pour comparaison, et permettront de documenter la diversité de norovirus humains et porcins circulant dans deux régions françaises.

Ces protocoles et premières données seront utilisés pour des projets ultérieurs montés dans le cadre d’Obépine+, sur le VHE, les NoV et d’autres virus potentiellement zoonotiques pour lesquels l’analyse des eaux usées d’abattoir est pertinente.

Champs relationnel

• En interne : les membres du laboratoire SEM, de l'unité MASE et autres collègues du centre Atlantique ou de l'Institut.
• En externe : les membres du LCPME (U. Nancy) et autres partenaires d'OBEPINE.

Mobilité géographique : International

Profil recherché

• Doctorat dans le domaine de la microbiologie, de préférence virologie humaine obtenu depuis 3 ans maximum.

Compétences mises en œuvre

• Connaissances en microbiologie (virologie),
• Biologie moléculaire, séquençage haut-débit,
• Analyses bio-informatiques,
• Rédaction, et valorisation (publications & congrès)
• Maîtrise de l’anglais (oral et écrit).

Qualités personnelles

• Rigueur scientifique, autonomie, dynamisme, curiosité,
• Sens du relationnel, de la communication et de la pédagogie,
• Travail en équipe.

Conditions de travail

• Temps plein.
• 18 mois