Post-doc (H / F) en Écologie microbienne, interactions plantes-microorganismes, optimiser le fo[...]

Intitulé de l'offre : Post-doc (H / F) en Écologie microbienne, interactions plantes-microorganismes, optimiser le fonctionnement des sols dans les villes du futur

Référence : UMR5300-VINJAS-001

Nombre de Postes : 1

Lieu de travail : TOULOUSE

Date de publication : mercredi 12 mars 2025

Type de contrat : Chercheur en contrat CDD

Durée du contrat : 24 mois

Date d'embauche prévue : 1 septembre 2025

Quotité de travail : Complet

Rémunération : entre 2991€ et 4166€ brut

Niveau d'études souhaité : Doctorat

Expérience souhaitée : Indifférent

Section(s) CN : 30 - Surface continentale et interfaces

Nous recherchons pour étudier la structure et les fonctions des communautés microbiennes des sols pour travailler sur une expérience de terrain établie sur un techno-sol en région parisienne. L'emploi est à temps plein pour deux ans. La date limite de candidature est le 1er juin 2025 et le poste devrait débuter en septembre 2025, ou selon accord (c'est flexible !). Bienvenue avec votre candidature !

Contexte de recherche et questions

Dans une perspective de développement durable, les villes de demain doivent être plus résilientes et plus adaptables. Il est donc urgent de trouver des solutions opérationnelles pour faire face au changement climatique et pour réduire la pression anthropique sur les ressources naturelles. Dans une telle perspective, les espaces verts urbains constituent un élément clé des villes de demain via la production de déchets verts – notamment les déchets bois – et les services écosystémiques qu'ils fournissent. A l'heure actuelle, le recyclage par biométhanisation et compostage ne sont que peu adaptés aux déchets bois. La production de biochar (carbonisation en absence d'oxygène) constitue une voie de valorisation écologique et économique de ces déchets. En effet, l'incorporation de biochar dans les sols est désormais identifiée comme une solution opérationnelle permettant de stocker du carbone tout en améliorant les propriétés des sols telles que la rétention en eau et la biodiversité souterraine. Ainsi le biochar peut constituer un levier de valorisation des déchets bois promouvant à la fois une nouvelle filière bioéconomique ainsi que les services écosystémiques fournis par les sols urbains dégradés des espaces verts. Néanmoins, le déficit en azote intrinsèque des biochar ne peut promouvoir à lui seul la fertilité des sols. Les plantes fixant l'azote atmosphérique ont la capacité de compenser cette limite en améliorant la fertilité des sols.

Le / la sera impliqué.e dans le projet OPTISOIL financé par l'ANR. Il / elle travaillera sur l'identification des effets de l'ajout de biochar et de plantes fixatrices d'azote sur les communautés microbiennes (bactéries, champignons et protistes). Une expérience in situ a été mise en place fin 2024 sur un technosol de la région parisienne. Le / la sera responsable du suivi microbien sur cette expérience. Des expériences en microcosmes pourront également être mises en place pour tester des questions spécifiques en lien avec le projet.

OPTISOIL est un projet pluridisciplinaire et impliquera donc des travaux de recherche faisant converger les intérêts de différentes disciplines scientifique (géochimie organique, géophysique, microbiologie et économie) et des acteurs publiques et privés de la gestion des espaces verts.

Activités

• Extractions d'ADN / ARN et séquençage d'amplicons des communautés bactériennes, fongiques et protistes et profilage pour comprendre le rôle des microbes dans le cycle et la séquestration du carbone,
• Quantification des abondances et biomasses microbiennes absolues via des approches de dPCR, cytométrie de flux, imagerie de flux et HPLC,
• Quantification de l'activité microbienne (enzymes du sol, respiration microbienne),
• Gestion de campagnes d'échantillonnage,
• Analyse de données, rédaction d'articles scientifiques.

Compétences

Pour être sélectionné, le / la doit avoir obtenu un doctorat. Les doctorants qui terminent leur thèse d’ici fin 2025 sont fortement encouragés à postuler.

Le / la doit être titulaire d'un doctorat en écologie microbienne ou moléculaire, y compris en bioinformatique. D'excellentes compétences en communication écrite et verbale, la capacité de concevoir, d'exécuter et de mener à bien des projets de recherche, la capacité de penser de manière indépendante et créative ainsi que la capacité de travailler en équipe et de manière autonome sont attendues.

Certaines des compétences requises :

• Écologie microbienne, biologie moléculaire, bioinformatique
• Expertise en analyses de données uni- et multi-variées sous R
• Expertise dans le domaine des interactions plantes-microorganismes
• Appétence pour le travail de terrain
• Aisance pour la rédaction de rapports et d’articles scientifiques
• Curiosité scientifique, dynamisme, enthousiasme et autonomie
• Capacité à travailler à la fois en autonomie et en collaboration, à l'intérieur de l'équipe et avec les partenaires extérieurs.

Contexte de travail

Ce contrat de post-doctorat est proposé dans le cadre d'un projet visant à documenter l'impact combiné du biochar et des plantes fixatrices d'azote sur les fonctions d'un sol dégradé (un technosol) et à estimer l'empreinte écologique et les perspectives économiques associées à ces solutions fondées sur la nature. Le contrat post-doctoral est un temps plein d’une durée 24 mois. Plusieurs déplacements en région parisienne pour des missions terrains de quelques jours sont à prévoir.

Le / la candidat(e) retenu(e) travaillera sur ce projet collaboratif impliquant plusieurs groupes de recherche au carrefour de la microbiologie, de la biologie végétale, de la géochimie et de l’économie. Il / elle rejoindra l'équipe CIRCE au sein du Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement (CRBE, UMR 5300) à Toulouse. L’équipe CIRCE est reconnue pour son expertise des interactions entre facteurs environnementaux, microorganismes et plantes à toutes les échelles d’organisation.

Le dossier de candidature doit contenir les éléments suivants, rédigés en français ou en anglais :

Une lettre de motivation personnelle motivant votre candidature et expliquant comment vous pouvez contribuer à la recherche (une page maximum),

Un CV incluant la liste complète des publications,

Une copie du diplôme de doctorat ou une documentation précisant quand le diplôme de docteur est censé être obtenu,

Les coordonnées de deux personnes de référence,

Autres documents que le candidat souhaite soumettre.