Machine learning from cfDNA size fragments for diagnosis and prediction of response to immunoth[...]

Niveau de diplôme exigé : Bac + 4 ou équivalent

Fonction : Stagiaire de l'ingénierie

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

The Inria center at Université Côte d'Azur includes 42 research teams and 9 support services. The center’s staff (about 500 people) is made up of scientists of different nationalities, engineers, technicians and administrative staff. The teams are mainly located on the university campuses of Sophia Antipolis and Nice as well as Montpellier, in close collaboration with research and higher education laboratories and establishments (Université Côte d'Azur, CNRS, INRAE, INSERM ...), but also with the regional economic players.

With a presence in the fields of computational neuroscience and biology, data science and modeling, software engineering and certification, as well as collaborative robotics, the Inria Centre at Université Côte d'Azur is a major player in terms of scientific excellence through its results and collaborations at both European and international levels.

Contexte et atouts du poste

This engineering internship position will take place in the environment of the Inria-Inserm team COMPO (COMputational Pharmacology in Oncology), located in the La Timone health campus. The team is composed of mathematicians, data scientists, pharmacists and clinicians and is a unique multidisciplinary environment focused on developing novel computational tools for decision-making in clinical oncology.

Mission confiée

Liquid biopsy has established itself as a powerful tool for the early detection of cancer and the diagnosis, prognosis and treatment monitoring in a wide range of cancer types. As part of the SChISM (Size Cfdna Immunotherapies Signature Monitoring) project, the COMPO team is studying the fragmentome, i.e. the size distribution of circulating cell-free DNA fragments, and has obtained significant results from individual markers (Salas et al., ASCO 2024, ESMO 2024).

The aim of this internship is to evaluate, develop and implement machine learning analyses to develop two predictive algorithms by combining simple markers into multivariate models: one for screening (cancer versus healthy) and the other for resistance to immunotherapy. The analyses will involve two stages: variable selection and modelling, using learning algorithms evaluated by controlling optimism (overlearning).

References:

• Computational modeling for circulating cell-free DNA in clinical oncology
  L. Nguyen-Phuong, S. Salas, S. Benzekry
  under minor revision, hal 2024

• Circulating cell-free DNA size distribution as a prediction marker for early progression undergoing immune checkpoint inhibitors
  L. Nguyen Phuong, F. Fina, L. Greillier, C. Gaudy-Marqueste, J.L. Deville, J.C. Garcia, S. Salas, S. Benzekry
  PAGE, 32, Abstr 11111, Poster, 2024

• Long circulating-free DNA fragments predict early-progression (EP) and progression-free survival (PFS) in advanced carcinoma treated with immune-checkpoint inhibition (ICI): A new biomarker.
  Salas, S., Nguyen-Phuong, L., Ginot, F., Greillier, L., Tomasini, P., Boutonnet, A., Deville, J.L., Fina, F. and Benzekry, S.
  ESMO, Ann. Oncol., 35, S270, Poster, 2024.

Principales activités

• Supervised machine learning
• Feature selection
• Biostatistics
• Craft synthetic reports and publication-ready figures

Additional activities :

• Review the literature
• Test and enhance the codebase
• Presentation to a non-technical audience
• Conceive dashboards (e.g. Shiny apps)

Compétences

Technical skills and level required :

• Excellent programming skills in a scripting language (preference for R)
• Strong background in statistics and machine learning
• Hands-on experience with real-world data analysis

Avantages

• Subsidized meals
• Partial reimbursement of public transport costs
• Leave: 7 weeks of annual leave + 10 extra days off due to RTT (statutory reduction in working hours) + possibility of exceptional leave (sick children, moving home, etc.)
• Possibility of teleworking (after 6 months of employment) and flexible organization of working hours
• Professional equipment available (videoconferencing, loan of computer equipment, etc.)
• Social, cultural and sports events and activities
• Access to vocational training
• Contribution to mutual insurance (subject to conditions)

Rémunération

Traineeship grant depending on attendance hours.

Informations générales

• Thème/Domaine : Neurosciences et médecine numériques
• Ville : Marseille
• Centre Inria : Centre Inria d'Université Côte d'Azur
• Date de prise de fonction souhaitée : 2025-02-01
• Durée de contrat : 6 mois
• Date limite pour postuler : 2025-01-31

Attention: Les candidatures doivent être déposées en ligne sur le site Inria. Le traitement des candidatures adressées par d'autres canaux n'est pas garanti.

Consignes pour postuler

Applications must be submitted online on the Inria website. Collecting applications by other channels is not guaranteed.

Sécurité défense :
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.

Politique de recrutement :
Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria sont accessibles aux personnes en situation de handicap.

Contacts

• Équipe Inria : COMPO
• Recruteur :
  Benzekry Sebastien / Sebastien.Benzekry@inria.fr

L'essentiel pour réussir

You don't just apply the reference method to a given problem; instead, you are eager to thoroughly understand the information contained in the data.

A propos d'Inria

Inria est l’institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes. Ses 215 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3900 scientifiques pour relever les défis du numérique, souvent à l’interface d’autres disciplines. L’institut fait appel à de nombreux talents dans plus d’une quarantaine de métiers différents. 900 personnels d’appui à la recherche et à l’innovation contribuent à faire émerger et grandir des projets scientifiques ou entrepreneuriaux qui impactent le monde. Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 200 start-up. L'institut s'efforce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l'économie.