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Université de Poitiers - Laboratoire EBI UMR CNRS 7267

La vigne, pilier économique, culturel et touristique de la région Nouvelle-Aquitaine, est fortement menacée par des maladies cryptogamiques telles que le mildiou, l’oïdium et la pourriture grise. Ces pathogènes engendrent des pertes importantes et entraînent une utilisation massive de produits phytosanitaires, avec des impacts négatifs sur l’environnement et la santé humaine. Face à ces défis et s’appuyant sur les résultats du projet CryptoCARBO (Projet ESR Nouvelle-Aquitaine 2021-2024), ce projet pluridisciplinaire de trois ans vise à identifier de nouveaux déterminants de la tolérance de la vigne aux champignons pathogènes, notamment Botrytis cinerea afin de développer des variétés résistantes, réduisant les intrants chimiques tout en soutenant une viticulture durable.

Contexte et problématique:

Grâce à des approches innovantes, le projet cherche à identifier de nouveaux gènes liés à la résistance basale ou à la sensibilité de la vigne à Botrytis cinerea. Cette recherche répond à une forte demande de la filière viticole. Alors que des gènes de résistance sont bien identifiés pour le mildiou et l'oïdium, et que des travaux prometteurs sont en cours pour le black-rot, il existe un manque criant de gènes de résistance à la pourriture grise. Les résultats du projet permettront de combler cette lacune et de développer des variétés plus résistantes grâce à des programmes de sélection et de croisement.

Description du sujet:

Ce projet de thèse s’articule autour de trois axes principaux:

1. Identification de déterminants génétiques de tolérance et de sensibilité via une approche bioinformatique
2. Validation fonctionnelle des gènes candidats: recherche d’orthologues, phénotypage de mutants et caractérisation biochimique des protéines correspondantes
3. Recherche sur les variétés et variants naturels pour le développement de variétés tolérantes

Méthodologie et mise en œuvre:

Le projet débutera par l’analyse approfondie des données RNAseq et métabolomique obtenues sur divers cépages présentant des niveaux contrastés de tolérance à Botrytis cinerea dans le cadre du projet CryptoCARBO. Cette approche permettra de mettre en évidence des facteurs clés impliqués dans les mécanismes de tolérance et de décrypter les réseaux moléculaires liés aux réponses immunitaires de la vigne. Les gènes candidats ainsi identifiés seront comparés à leurs orthologues chez Arabidopsis thaliana. Les mutants knock-out ou gain de fonction de ces gènes chez A. thaliana et/ou la vigne permettront de confirmer leur rôle dans la réponse des plantes à Botrytis cinerea. Une analyse génétique de ces gènes chez Vitis sp permettra ensuite de détecter des variants naturels favorisant la résistance ainsi que des variants non fonctionnels associés à la sensibilité. Ces découvertes soutiendront le développement de programmes d’introgression, en partenariat avec des acteurs de la filière, visant à préserver la typicité des cépages tout en renforçant leur résistance.

Informations sur le financement:

Contrat doctoral en cours d'acquisition

Titre de doctorat:

Doctorat de Physiologie végétale

Pays:

France

Qualifications requises:

Titulaire d’un diplôme de 3ème cycle (ingénieur ou Master 2) en biologie végétale, biotechnologies ou disciplines équivalentes.

Compétences souhaitées:

• Excellente maîtrise des outils de biologie moléculaire
• Excellente maîtrise de l’anglais: littérature scientifique, rédaction et expression
• Maîtrise de la manipulation des données sous R
• Goût pour la recherche pluridisciplinaire et la diffusion des connaissances
• Une expérience en phytopathologie est un plus

Nombre d'offres disponibles: 1

Institut: Université de Poitiers - Laboratoire EBI UMR CNRS 7267

Ville: Poitiers, France