Jeune chercheur post-doctorant en écologie microbienne - H/F

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Jeune chercheur post-doctorant en écologie microbienne - H/F

Date Limite Candidature : vendredi 31 janvier 2025 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Jeune chercheur post-doctorant en écologie microbienne - H/F
Référence : UMR5254-SOPPUY-106
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PAU
Date de publication : vendredi 10 janvier 2025
Type de contrat : Chercheur en contrat CDD
Durée du contrat : 14 mois
Date d'embauche prévue : 15 mars 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : Environ 2 991.58€ bruts mensuels
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : 29 - Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

Missions

Le projet de post-doctorat s'inscrit dans le cadre du projet MAEWA (H2020 – PRIMA program) qui vise à comprendre l'organisation des communautés microbiennes dans les zones humides afin de développer des solutions de bioremédiation pour limiter la contamination dans les environnements aquatiques des zones arides/semi-arides du bassin Méditerranéen. La principale source de pollution des zones humides est due aux activités humaines, notamment les activités agricoles impliquant l'utilisation intensive de produits agrochimiques. Les communautés microbiennes jouent un rôle crucial dans le fonctionnement des écosystèmes, notamment dans la décomposition de la matière organique, le cycle des nutriments et l'élimination des polluants. Il est donc important d'accroître les connaissances sur les règles qui régissent les assemblages microbiens afin de proposer des solutions pratiques pour l'amélioration de la gestion et la gouvernance des zones humides.
Les objectifs spécifiques du projet MAEWA sont d'acquérir de nouvelles connaissances sur i) l'effet des activités agricoles sur l'organisation des communautés microbiennes des zones humides, et ii) sur les capacités métaboliques microbiennes à atténuer l'effet des polluants. La personne recrutée sera en charge de la caractérisation fonctionnelle des communautés microbiennes par des approches métagénomiques afin d'identifier les fonctions et les processus de dégradation de contaminants d'origine agricole dans les sédiments des zones humides des sites d'études du projet MAEWA.

Activités

- Acquisition et traitement de données de métagénomique
- Analyse des données de séquençage : annotation, analyses comparatives, caractérisation fonctionnelle, assemblage de génomes
- Présentation des résultats lors des réunions du projet et à des conférences
- Rédaction et gestion de rapports pour PRIMA
- Rédaction de publications
- Possibilité d’encadrement de stagiaires

Compétences

- Doctorat en écologie microbienne
- De solides compétences en écologie microbienne
- De solides compétences en biologie moléculaire appliquée aux nouvelles technologies de séquençage
- Des compétences en bio-informatique et biostatistique, utilisation de pipelines et cluster de calcul, pour l'analyse de données métagénomiques
- Capacité à travailler dans un groupe de recherche multidisciplinaire
- Personnalité autonome capable de travailler à la fois de manière indépendante et en équipe
- Compétences en communication écrite et orale en anglais

Contexte de travail

La personne recrutée sera basée à l'IPREM (Institut des Sciences Analytiques et de Physico-Chimie pour l'Environnement et les Matériaux) à l’Université de Pau et des Pays de l'Adour. L'IPREM regroupe plus de 300 personnes qui s’intéressent au développement de connaissances fondamentales en physico-chimie, chimie analytique et microbiologie. Le projet MAEWA regroupe 13 partenaires de différents pays avec lesquels la personne recrutée devra collaborer.

Contraintes et risques

Possibles déplacements à l'étranger pour les réunions de travail ou campagnes d'échantillonnage.