Ingénieur en calcul scientifique, Rhône

Le poste proposé est ouvert dans l'équipe Inria MOSAIC, dont le projet scientifique s'articule autour de la modélisation mathématique et la simulation numérique de questions en biologie développementale végétale. Dans le cadre du projet Mechaverse, la personne recrutée aura pour mission de développer une librairie python de simulation numérique, basée sur les méthodes d'éléments finis (FEM). L'objectif est de fournir un corpus d'outils permettant de simuler la morphogenèse des tissus végétaux. Concrètement, la librairie attendue doit permettre de résoudre une gamme large de problèmes aux valeurs initiales et aux valeurs limites (BVP & IBVP) sur des domaines dynamiques, issus d'acquisition 3D de tissus biologiques. Ce travail s'effectuera en étroite collaboration avec les chercheurs et ingénieurs de recherche de l'équipe, mais également en interaction avec les collaborateurs biologistes de l'équipe.

Mission confiée

Missions :
Accompagné en particulier par Olivier Ali (CR Inria), Julien Derr (Prof. ENS) et Manuel Petit (IR Inria), la personne recrutée devra développer une nouvelle version de la librairie BVPy, initialement développée dans l'équipe pour la résolution de BVP et d'IBVP sur des domaines statiques. Les axes d'amélioration souhaités sont :

• La prise en charge de maillages complexes, extraits d'images de microscopie confocale 3D.
• L'implémentation d'un module de remaillage permettant l'édition de ces maillages en vue de simuler leur croissance.
• L'optimisation du code permettant sa parallélisation, en vue de scénarios de simulations "multi-physiques".

Pour une meilleure connaissance du sujet de recherche proposé :

• Site web de l'équipe d'accueil (MOSAIC) et du laboratoire de biologie associée (RDP).
• Librarie BVPy V1.0: article dans Journal of Open Source Software et dépôt Boudon, Ali, Chopard et al PLoS Comp Biol 2015.

La personne recrutée travaillera sous la direction d'Olivier Ali et Julien Derr ; en étroite collaboration avec les ingénieurs de recherche de l'équipe Mosaic.

Responsabilités :
La personne recrutée sera en charge du développement technologique de la librairie. Elle pourra être amenée à superviser le travail de stagiaires recrutés ponctuellement sur le projet. Elle aura également un rôle d'accompagnement pour permettre aux chercheurs et étudiants de l'équipe d'utiliser les outils développés dans le cadre de leurs programmes de recherche.

Principales activités

Principales activités (5 maximum) :

• Design et développement de l'architecture et des nouveaux composants de la librairie BVPy.
• Implémentation d'un module de remaillage dynamique (basé sur GMSH et/ou CGal).
• Optimisation des performances au travers notamment d'une parallélisation des processus.

Activités complémentaires (3 maximum) :

• Diffusion de la librairie à travers des présentations scientifiques et techniques (en interne et vers les collaborateurs extérieurs).
• Mise en place d'outils de formation permettant cette diffusion (notebooks, tutoriels, séances de travaux dirigés) auprès d'un public scientifique (chercheurs, ingénieurs, étudiants).

Compétences

Compétences techniques et niveau requis :

• Master ou équivalent avec une expertise en calcul scientifique.
• Connaissances théoriques et expérience pratique avec les Méthodes d'Éléments Finis.
• Programmation Python et connaissance des outils de développement modernes (IDE, versioning...).

Compétences relationnelles :

• Animation de réunions scientifiques.

Conditions de travail :

• Restauration subventionnée.
• Transports publics remboursés partiellement.
• Congés : 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement).
• Possibilité de télétravail (90 jours par an flottants) et aménagement du temps de travail.
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria).
• Accès à la formation professionnelle.
• Participation employeur mutuelle santé (sous conditions).

Rémunération

A partir de 2 692 € brut mensuel selon expérience et diplômes.