Ingénieur d'études en biologie moléculaire (H/F)

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Ingénieur d'études en biologie moléculaire (H/F)

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Date Limite Candidature : mardi 31 décembre 2024 23:59:00 heure de Paris
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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d'études en biologie moléculaire (H/F)
Référence : UMR5535-JULCAR-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mardi 10 décembre 2024
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 13 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : A partir de 2491.65€ brut mensuel, ajustable selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+3/4
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e en techniques biologiques

Missions

À l'IGMM, notre groupe Réseaux intégratifs des ARNs dans le développement s'intéresse à l'étude de la fonction des facteurs de transcription (FT) dans la biogénèse des ARNm et sa contribution à l'identité cellulaire. Ce projet financé par l'AFM Téléthon (projet ISOFHORM) vise à redéfinir le rôle des facteurs de transcription dans la morphogénèse musculaire. Le projet consiste à cartographier les réseaux d'épissage régulés par Ultrabithorax (Ubx), un facteur de transcription Hox de drosophile et à déterminer sa fonction isoforme-spécifique au cours du développement du muscle embryonnaire de drosophile.
L'ingénieure ou ingénieur aura en charge un projet basé sur la détection, l’analyse et la validation de profiles d’épissage et d’isoformes régulés par Ubx au cours du développement du muscle embryonnaire. Cela consiste en l’établissement de protocoles pour la purification d’ARN compatible en séquençage Illumina (short-read) et nanopore (long-read), puis l’analyse de profiles d’épissage et d’isoformes par transcriptomique (bioinformatique) ainsi que la validation fonctionnelle de ces isoformes (génétique) au cours du développement musculaire, et ce de manière indépendante (60%).
La personne apportera un support sur la biologie moléculaire et biochimie de complexes protéine-ARN in vitro (20%).
La personne contribuera à l’établissement et maintenance de lignées de drosophiles (10%) et à la veille des protocoles et la gestion des stocks de l’équipe (10%).
Contrat initial de 13 mois, avec possibilité de renouvellement (24 mois au total).

Activités

Effectuer des expériences in vivo chez la Drosophile:
- Entretenir des lignées et croisements, embryon collections, fixation, immunomarquage et microscopie confocale.
- Mettre en place un protocole de purification biochimique d’ARNs nucléaires pour l’analyse de transcriptomes différentiels à partir de muscle embryonnaire de drosophile par séquençage Illumina (short-read) et Nanopore (long-read).
- Valider des cibles par méthodes alternatives (qPCR, smFISH, expression exogène d’isoformes).
Effectuer des expériences in vitro:
- Appliquer des techniques de clonage, biochimie des protéines et ARNs (SDS-PAGE, WBlot, RT-qPCR, RNA-IP).
Effectuer des analyses bioinformatiques:
- Développer et implémenter les outils bioinformatiques en collaboration avec les plateformes et collaborateurs.
- Analyser les profils d’épissage à partir de data de séquençage Illumina (short-read) et Nanopore (long read).
- Réaliser des analyses informatiques de données incluant les analyses statistiques.

Responsabilités

- Choisir et adapter des technologies en fonction des objectifs discutés en amont.
- Développer et rédiger des protocoles et des rapports structurés en anglais.
- Traiter et analyser les données, mettre en forme les résultats pour leur présentation en anglais.
- Transmettre ses connaissances et compétences dans son domaine d'étude.
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations et de publications en anglais.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité.

Compétences

- Bac +4 ou plus en biologie moléculaire, cellulaire, biochimie, biotechnologies ou disciplines similaires.

Savoirs / connaissances:
- Connaissances en transcriptomique, biochimie, biologie moléculaire.
- Connaissance de base sur les méthodes de détection de l’épissage des ARNs.
- Capacité orale et écrite à communiquer en anglais (équivalent de niveau C1).
- Connaissance appréciée en génétique de la drosophile ou analyse bioinformatique de transcriptome.

Savoir-faire:
- Excellentes compétences en biologie moléculaire (clonage, PCR, production d'ADN, purification, western-blot, purification des ARNs pour séquençage).
- Excellentes compétences dans une (ou plusieurs) des catégories suivantes : méthodes de biochimie liées aux ARNs, transcriptomiques ou génétique de la Drosophile.
- Compétences de base en imagerie confocale.
- Bonnes compétences informatiques (excel, word, powerpoint).
- Une expérience dans l’analyse de donnée transcriptomique sera appréciée.

Savoir-être:
- Capacité à travailler de manière indépendante sur les pipelines discutés.
- Forte curiosité d’apprendre de nouvelles techniques et contribuer aux différents projets de l’équipe.
- Fort sens de l'organisation.
- Rigueur sur les activités de reporting, suivi des protocoles en anglais, planning expérimentaux.
- Capacité à travailler en équipe, à contribuer à la vie du laboratoire (actions communes, tâches).
- Qualités générales : Communication, Rigueur, Esprit d'équipe, Autonomie, Enthousiasme.

Contexte de travail

L'Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier est une unité mixte de recherche CNRS et Université de Montpellier, de 200 personnes réparties en 18 groupes de recherche, 9 services communs (dont 5 mutualisés avec d'autres unité du campus CNRS) et 9 plateformes technologiques et scientifiques. L'IGMM est un institut multidisciplinaire dont les travaux ont un impact international fondamental et appliqué en biologie moléculaire et cellulaire (www.igmm.cnrs.fr).
La personne sera affectée dans l'équipe dirigée par Julie Carnesecchi, nouvellement ouverte à l'IGMM. L’agent travaillera sur un projet central du laboratoire financé par l’AFM Téléthon (projet ISOFHORM), et sera formé et supervisé directement par Julie Carnesecchi. Le travail d'équipe est en contexte international (anglais) et interdisciplinaire (biologie moléculaire, structurale, transcriptomique, imagerie), avec l’opportunité de contribuer à l’exploration des interactions TF-ARN à diverses échelles (in vitro, en cellules, in vivo dans le muscle de l’embryon).
Le projet bénéficie de l'environnement scientifique privilégié du Biocampus, et de ces plateformes technologiques (protéomique, séquençage, imagerie, www.biocampus.cnrs.fr).
Outre son environnement enrichissant, le CNRS offre les avantages suivants :
- cycle hebdomadaire de travail de 38h30.
- 44 jours de congés et RTT avec possibilité d'acquérir 2 jours pour fractionnement, soit 46 jours au maximum.
- remboursement partiel des frais de transport en commun sur le trajet domicile - travail.
- possibilité de bénéficier du forfait mobilités durables.
- prise en charge des frais de complémentaire santé à hauteur de 15 € par mois, selon conditions.
- restaurant collectif sur place à un tarif avantageux.
- parking.
- offres loisirs sports et culture via le comité d'action et d'entraide sociale (CAES du CNRS) ou les comités locaux d'action sociale (CLAS).

Contraintes et risques

Possibilité de venir certains week-ends et jours fériés pour entretien et collection des échantillons vivants (1 à 2h max le week-end).