Ingénieur d’Etude en Analyse du Métabolome par Spectrométrie de Masse (H / F)

Un poste d’Ingénieur d’Etudes est ouvert à l'Institut Européen de Génomique pour le Diabète (UMR 1283 / 8199 Inserm / CNRS, Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Université de Lille) au sein de la plateforme métabolomique IMPACT-PM «Integrative metabolomics and phenomics for translational and precision medicine» dirigée le Dr. Marc-Emmanuel Dumas à Lille, France.

Il / Elle sera responsable de l’acquisition, de l’analyse des données UHPLC-MS et de la rédaction des rapports d'analyse ainsi que la dissémination scientifique des résultats (rédaction d’articles scientifiques en Anglais, participations à des réunions et conférences internationales).

Activités

Le / la candidat / e sélectionné / e aura pour mission de prendre en charge les activités d’analyse de routine des échantillons de la plateforme sur un spectromètre de masse Orbitrap Exploris 240 (ThermoFisherScientific), notamment :

• Vérifier la qualification opérationnelle des instruments selon les protocoles définis
• Préparer les séquences d’analyse et vérifier le bon déroulement des injections en chromatographie liquide
• Contrôle qualité des données brutes LC-MS
• Traitement des données brutes (logiciels Thermo Fisher, MSDial), selon les besoins du projet
• Analyses statistiques et chimio métriques des données
• Rédaction de comptes-rendus d’analyse, et soumission pour validation à son (sa) responsable
• Participation active à la vie de la plateforme et l’équipe scientifique (réunions, système qualité…)
• Contribution au développement des méthodes de chromatographies pour le profilage ciblé et non-ciblé du métabolome dans les fluides biologiques et tissus
• Contribution au développement d’une banque de standards chimiques purs et d’une base de données associée par spectrométrie de masse

Profil recherché

Compétences

Le / la candidat(e) devra :

• Être titulaire d’un Bac +5 en Chimie analytique / Pharmacognosie / Produits naturels ou similaire
• Avoir une expertise en métabolomique
• Avoir une expérience avec des systèmes de spectrométrie de masse haute résolution
• Avoir une expérience du prétraitement de données UHPLC-MS brutes et une connaissance des logiciels de prétraitement (MSDial, MZmine, XCMS)
• Avoir des connaissances en biostatistiques et chimiométrie
• Avoir très bonnes capacités de travail en équipe et de communication en anglais (écrit et parlé)
• Démontrer autonomie, rigueur, pensée critique, et capacité à s’intégrer au sein d’une équipe internationale

Contexte de travail

Le / la candidat(e) sélectionné(e) rejoindra la plateforme IMPACT-PM «Integrative Metabolomics and Phenomics for Translational and precision Medicine» dirigée par Marc-Emmanuel Dumas à l’U1283 / UMR8199 au European Genomic Institute of Diabetes (reconnu par un label de ‘Laboratoire d’Excellence’). Les objectifs de la plateforme sont d’étudier le métabolome humain pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme. L’institut fournit un excellent environnement intellectuel et l’infrastructure requise pour le projet de recherche, avec des plateformes de métabolomique (IMPACT-PM), de séquençage (LIGAN-PM, Équipement d’Excellence), animalerie avec études métaboliques (cages métaboliques, tapis de course, CTscan, PET scan, MRI), imagerie cellulaire (microscopie confocale, électronique), cytométrie de flux (INFLUX BD). En particulier, le / la candidat / e fera partie de la plateforme IMPACT-PM initiée avec le dispositif «Accueil de Talents» attribué au Dr. Dumas par l’ISite Région Hauts-de-France et la Métropole Européenne de Lille et par l’IHU Precidiab. Le / la candidat / e travaillera en interaction avec des collègues au sein de la plateforme, du groupe «Métabolome, microbiome et maladies métaboliques», de l’UMR et des Collaborateurs de la Plateforme.