Ingénieur Bioinformaticien en analyse de données omiques H / F

Née de la volonté conjuguée d’universités, de grandes écoles et d’organismes de recherche, l’Université Paris-Saclay compte parmi les grandes universités européennes et mondiales, couvrant les secteurs des Sciences et Ingénierie, des Sciences de la Vie et Santé, et des Sciences Humaines et Sociales. Sa politique scientifique associe étroitement recherche et innovation, et s’exprime à la fois en sciences fondamentales et en sciences appliquées pour répondre aux grands enjeux sociétaux. Du premier cycle au doctorat, en passant par des programmes de grandes écoles, l’Université Paris-Saclay déploie une offre de formation sur un large spectre de disciplines, au service de la réussite étudiante et de l'insertion professionnelle. Elle prépare les étudiants à une société en pleine mutation, où l’esprit critique, l’agilité et la capacité à renouveler ses compétences sont clés. L’Université Paris-Saclay propose également un riche programme de formations tout au long de la vie. Située au sud de Paris sur un vaste territoire, l'Université Paris-Saclay bénéficie d’une position géographique favorisant à la fois sa visibilité internationale et des liens étroits avec ses partenaires socio-économiques - grands groupes industriels, PME, start-up, collectivités territoriales, associations...

Etablissement handi-accueillant et attaché à la mixité et à la diversité

• De nombreuses activités culturelles et sportives sont proposées et accessibles facilement pour tout collaborateur dans le cadre de la politique de bien-être au travail développée à l’Université Paris-Saclay.
• Des possibilités de restauration proches des lieux de travail.
• Un accompagnement des agents pour leur développement professionnel et la préparation aux concours de la fonction publique.
• Deux jours hebdomadaires de télétravail possibles sous certaines conditions.

Ingénieur Bioinformaticien en analyse de données omiques H / F

• Métier ou emploi type

• REME, REFERENS, BIBLIOPHILE

Fiche descriptive du poste

• Catégorie : A
• Corps : IGE BAP : A

Affectation

• Administrative : Université Paris Saclay – UFR des Sciences – Laboratoire I2BC – UMR 9198
• Géographique : Gif sur Yvette et Orsay (91)

Missions

La personne recrutée soutiendra l'activité des chercheurs et étudiants bioinformaticiens dans les équipes « Bio-Informatique Moléculaire » (BIM) et « Séquence, Structure et Fonction des ARN » (SSFA) de l'I2BC. Elle participera aux projets de recherche et à la conception et au développement de logiciels d'analyse, de bases de données et interfaces utilisateurs, dans le domaine de la génomique et de données haut-débit (transcriptomique, traductomique…). Elle sera sous la responsabilité hiérarchique d'un des deux responsables d'équipe.

Activités principales de l’agent :

• Mettre en place et participer à des projets d'analyse / fouille de données de séquences à haut débit (génome / transcriptome / traductome / protéome).
• Déployer et assurer la maintenance de services bioinformatiques en ligne sur différentes plateformes (cluster local, cloud, serveurs web).
• Assurer une veille technologique sur les bonnes pratiques de développement et sur les méthodologies pertinentes pour les équipes d'accueil.
• Diffuser et valoriser des savoir-faire bioinformatiques dans l'I2BC via une participation aux activités de la plateforme de bioinformatique de l'unité (20% du service).
• Conseiller et former aux techniques et outils développés.
• Encadrer des stagiaires de niveau L2 à M2 (un à deux par an).
• Recueil, analyse et traitement des données.

Connaissances, savoirs :

• Connaissance approfondie des outils et concepts utilisés en bioinformatique des génomes (génome / transcriptome / protéome).
• Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie).
• Biologie (connaissance générale).
• Master en bioinformatique.
• Anglais niveau B1.

Savoir-faire :

• Maîtrise des langages Python et R.
• Maîtrise d'au moins un gestionnaire de workflow (Nextflow et / ou Snakemake).
• Expérience en production de conteneurs Linux (Docker, Singularity / Apptainer).
• Bonne pratique de la maintenance de code et de la gestion de versions (git, github / gitlab).
• Connaissance approfondie des bases de données de séquences, de l'analyse des données NGS et de l'analyse de réseaux biologiques.
• Maîtrise de la conception et la maintenance en Base de Données relationnelles (PostgreSQL).

Savoir-être :

• Sens du relationnel et de la communication.
• Curiosité scientifique et technique, dynamisme.
• Capacité à gérer de nombreuses interactions et à travailler sur des projets variés.

Conditions particulières d’exercice :

De nombreuses activités culturelles et sportives sont proposées et accessibles facilement pour tout collaborateur dans le cadre de la politique de bien-être au travail développée à l’Université Paris-Saclay.

Des possibilités de restauration proches des lieux de travail.

Un accompagnement des agents pour leur développement professionnel et la préparation aux concours de la fonction publique.

Deux jours de télétravail possible sous conditions.

Encadrement : OUI

Nb agent.e.s encadré.e.s par catégorie : 2A - 7B – 1C

Conduite de projet : OUI