H / F postdoc en génomique et génétique des populations

Intitulé de l'offre : H / F postdoc en génomique et génétique des populations

Référence : UMR6553-HERCOL-002

Nombre de Postes : 1

Lieu de travail : RENNES

Date de publication : jeudi 6 mars 2025

Type de contrat : Chercheur en contrat CDD

Durée du contrat : 24 mois

Date d'embauche prévue : 8 septembre 2025

Quotité de travail : Complet

Rémunération : 2991 à 4160 euros brut mensuel selon expérience

Niveau d'études souhaité : Doctorat

Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Section(s) CN : 29 - Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

La personne recrutée coordonnera les échantillonnages terrain en Bretagne et conduira, développera des approches de génétique des populations et des analyses éco-physiologiques.

Le changement climatique est un des facteurs majeurs d’érosion de la biodiversité. Le stress climatique peut interrompre le flux génétique entre les populations conduisant à la formation de populations isolées. L’identification des capacités d’adaptation et de résilience au stress climatique des espèces menacées est une étape indispensable pour prioriser les actions de conservation. Cela est particulièrement important pour des espèces « en danger », comme la vipère péliade en Bretagne. Ainsi, les objectifs du projet seront (1) d’obtenir des données sur la diversité génétique et sur le niveau d'érosion génétique des populations de Vipera berus en Bretagne et (2) étudier l’impact physiologique du changement climatique. En intégrant des études génétiques et éco-physiologiques (Omique), le projet apportera des connaissances nouvelles et essentielles sur la résilience et l’adaptation de la vipère péliade dans la région Bretagne. Ce projet de postdoc sera directement connecté au projet ANR DIVCLIM (2024-2028) et les travaux seront conduits en étroite collaboration avec les partenaires de DIVCLIM.

La personne recrutée aura comme mission de coordonner les échantillonnages terrain en Bretagne, avec l’aide des partenaires locaux et des partenaires habilités de l’ANR DIVCLIM. La personne devra ensuite conduire et développer des approches de séquençage du génome et les analyses Omiques grâce au soutien des plateformes locales (EcogenO et EcoChim). La personne recrutée sera chargée de mettre en œuvre les différentes étapes du volet génomique et transcriptomique, de l'extraction de nucléotides jusqu'au traitement bioinformatique des séquences et aux analyses statistiques des données. Enfin, la personne recrutée sera en charge d’analyser les données métabolomiques afin d’identifier l’impact du stress climatique (thermique) sur la physiologie des vipères.

Activités

• Coordonner les échantillonnages terrain
• Conduire et développer des approches de séquençage du génome
• Effectuer des analyses Omiques
• Métabolomique
• Transcriptomique : de l’extraction d’ARN au traitement bioinformatique
• Génétique des populations par séquençage
• Gestion des données moléculaires
• Analyses statistiques des données
• Valorisation des données (colloques, publications)

Compétences

• Le / la candidat(e) doit être titulaire d'un doctorat en écologie / évolution.
• Une expertise indispensable en traitement bioinformatique des données génomiques
• De très bonnes compétences en biologie moléculaire haut débit (extraction de nucléotides, PCR, électrophorèse) et analyses de séquences
• Très bonnes connaissances en analyses statistiques en écologie et génétique des populations
• Bonnes connaissances en biologie, physiologie et écologie des vertébrés, y compris Omique
• Des connaissances en herpétologie seraient un atout
• Des capacités à mener des échantillonnages de terrain
• La connaissance des réseaux naturalistes bretons serait un atout
• Très bonnes capacités à valoriser les données (y compris en anglais), en vue de publier dans des revues scientifiques à comité de lecture
• Capacité à travailler en équipe dans un contexte pluridisciplinaire et pluri-compétences
• Autonomie, rigueur et force de proposition

Contexte de travail

La personne recrutée sera affiliée à l'UMR CNRS 6553 ECOBIO (https : / / / en / ). L'unité de recherche ECOBIO couvre tous les domaines de l'écologie : écologie évolutive, écologie comportementale, écologie des communautés, écologie fonctionnelle et écologie du paysage. La personne recrutée bénéficiera de l'appui des plateformes techniques PEM et EcogenO (pour les analyses moléculaires) et EcoChim (pour les analyses métabolomique).

Contraintes et risques

Le financement est destiné à un post-doctorant ayant eu une expérience postdoctorale de plusieurs mois hors de France entre le 1er mai 2021 et le début du projet.