Stagiaire Master 2 ou équivalent en traitement de données appliqué à des données microbiologiques

Vos missions

Vous interviendrez dans le cadre de la thèse DATASET sous l’autorité hiérarchique du chef d’unité qui porte également la fonction de responsable d’équipe, le stagiaire recruté sera impliqué dans un programme de recherche visant à développer la microspectroscopie Raman associée au marquage au deutérium (Deuterium Isotope Probing, DIP) pour l’identification et la détermination de l’état de viabilité des pathogènes bactériens Listeria monocytogenes et Vibrio parahaemolyticus.

Votre équipe

Le laboratoire de sécurité des aliments (LSAl) est situé sur deux sites, Maisons-Alfort et Boulogne-sur-Mer. Le site de Boulogne-sur-Mer, spécifique des produits de la pêche et de l’aquaculture, intervient sur les dangers biologiques et chimiques apportés par les aliments et qui peuvent affecter la santé des consommateurs. Il exerce des missions de référence, de recherche, de surveillance et d’expertise sur les contaminants biologiques (Listeria monocytogenes, Vibrio spp., Anisakidae) et chimiques (histamine, microplastiques). Dans ce cadre, l’équipe de bactériologie composée de 9 agents et faisant partie de l’unité sécurité sanitaire des aliments d’origine aquatique (SANAQUA), a des activités de recherche et d’expertise dans le domaine des contaminants bactériens des produits de la pêche et de l’aquaculture présentant un danger pour le consommateur et ayant un impact en santé publique.

Dans ce contexte, le projet DATASET, issus d’une collaboration entre le CEA de Grenoble et l’Anses de Boulogne-sur-Mer est actuellement en cours et vise à développer la microspectroscopie Raman-DIP pour l’identification et la détermination de l’état de viabilité des Listeria monocytogenes et Vibrio parahaemolyticus dans les produits de la pêche et de l’aquaculture.

Votre quotidien

Activité 1 : Analyse par microbiologie et microspectroscopie Raman-DIP des souches bactériennes en monocultures ou cultures complexes

- Tests microbiologiques (dénombrement sur gélose, suivi de croissance sur microplaques) et génomiques (qPCR, PMA-qPCR) pour l’étude des bactéries d’intérêt

- Acquisition par microspectroscopie Raman-DIP de souches de Listeria et Vibrio

Activité 2 : Traitement des données de spectroscopie par des méthodes de Machine Learning

- Optimisation du pré-traitement des spectres Raman par différentes approches statistiques

- Optimisation de modèles de classification supervisées et expérimentation de modèles non supervisées ainsi que de régression pour l’identification et la détermination de l’intégration du deutérium

Activité 3 : Valorisation des résultats

- Rédaction du rapport et présentation orale

- Possiblement, participation à la rédaction d’un article scientifique

Votre profil

Formation et expériences requises :

• Bac +4 en sciences de l’ingénieur avec application au domaine de la microbiologie

• Compétences en statistique et programmation (au choix R, Python), particulièrement en Machine Learning (SVM, Random Forest…) et en Deep Learning (CNN, RNN…)

• Une connaissance des techniques de biologie moléculaire (qPCR, extraction ADN) serait un plus

Compétences :

• Savoir appliquer des protocoles et tenir un cahier de laboratoire

• Avoir des connaissances en biostatistiques et traitement des données par des méthodes d’apprentissage automatique

• Avoir des connaissances générales en microbiologie

• Posséder des compétences élémentaires nécessaires au travail scientifique : rigueur, efficacité, autonomie

• Maîtriser l’anglais scientifique

• Appliquer les règles d’hygiène et de sécurité

• Travailler en mettant en œuvre et en respectant la démarche qualité en recherche

Type d'emploi : Stage
Durée du contrat : 6 mois

Rémunération: Jusqu'à 600,00€ par mois

Lieu du poste : En présentiel

Date limite de candidature: 31/10/2024