Stage BAC+5 - ML/DL - Représentation du génome pour la prédiction de résistance bactérienne - F/H/D

Stage BAC+5 - ML/DL - Représentation du génome pour la prédiction de résistance bactérienne - F/H/D

Date de prise de poste : 3 février 2025

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 60 ans, bioMérieux offre des solutions de diagnostic qui déterminent l’origine d’une maladie ou d’une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

Rejoindre bioMérieux, c’est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.

Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d’un suivi et d’une évaluation l’aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Quelle est votre mission chez bioMérieux?

La résistance des bactéries aux antibiotiques, et plus généralement aux antimicrobiens, est un enjeu majeur de santé publique qui est au cœur de la stratégie de bioMérieux. La résistance bactérienne s'intensifie en réponse à une mauvaise utilisation ou dosage des antibiotiques. Elle se manifeste par l'acquisition de mécanismes de résistance par les bactéries via des modifications dans leurs génomes, typiquement la mutation de gènes existants ou l’acquisition de nouveaux gènes.

Au sein du département Data Science, nous travaillons sur le développement de solutions de diagnostic innovantes, basées sur les technologies de séquençage haut débit pour prédire la résistance bactérienne par le biais d’algorithmes d’apprentissage automatique. La performance de ce genre d’algorithmes est en grande partie dépendante de la façon dont la donnée lui est fournie en entrée (i.e. features). En particulier, la représentation d’une séquence génomique est un problème complexe du fait de sa taille, de la quantité d’information présente et des dépendances à longue distance entre ses gènes.

Le but de ce stage sera de rechercher et tester de nouvelles représentations pour améliorer les performances de l’algorithme de prédiction de la résistance.

Mots-clés: Machine learning, representation learning, feature learning, sequence models, resistance bactérienne

Qui êtes-vous?

• Vous préparez actuellement un Master 2 ou vous êtes en dernière année de cycle ingénieur, avec une spécialisation en Data Science ou en mathématiques appliquées.
• Vous faites preuve d'agilité dans un environnement Linux et êtes familier avec les langages de scripts (e.g., shell).
• Vous êtes à l’aise avec Python; une connaissance de R serait aussi appréciée.
• Vous savez entraîner et utiliser des modèles de machine learning et deep learning.
• Vous faites preuve d'autonomie, de rigueur et d'une curiosité scientifique.
• Votre niveau d'anglais vous permet d'être à l'aise à l'écrit comme à l'oral.
• Des connaissances en biologie seraient appréciées mais ne sont pas requises.

Ce stage est prévu pour une durée de 6 mois, à partir de Février-Mars 2025. Ce Stage est basé sur notre site de Grenoble (38) accessible en transport en commun.

La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal.

Les + :
• Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur.
• Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.
• Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.

bioMérieux s'engage à éviter toute discrimination et à traiter tous les candidats de manière équitable sans distinction d'origine, de sexe, d'âge, de caractéristiques physiques, d'origine sociale, de handicap, d'appartenance syndicale, de religion, de situation familiale, de grossesse, d'orientation sexuelle, d'identité de genre, d'expression de genre ou de tout autre critère illégal selon la loi applicable.

*F/H/D : Femme/Homme/Diversité : bioMérieux s'engage à promouvoir l'égalité des chances en matière d’emploi.

Procédure : Nous vous invitons à candidater directement via le lien de l'offre, sur notre site carrière.

Offre publiée le 4 novembre 2024, affichage jusqu'au 31 décembre 2024.