Post-doctorat en estimation d’abondance par close-kin mark-recapture (H/F), Finistere

Client: IFREMER

Location: Finistere, France

Job Category: Other

EU work permit required: Yes

Job Reference: d4096798695a

Job Views: 4

Posted: 02.03.2025

Expiry Date: 16.04.2025

Job Description:

Position and assignments

L'unité mixte de recherche (UMR) Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan (DECOD) regroupe des chercheurs, ingénieurs et techniciens de l'Ifremer, de l'Inrae et de l'Institut Agro Rennes-Angers avec des laboratoires à Brest, Lorient, Nantes et Rennes. Les activités de DECOD portent sur l'analyse des processus écologiques et évolutifs à l'œuvre dans les milieux aquatiques et leurs interfaces, de la source à l'océan, sur l'évaluation de l'état des écosystèmes et sur la construction de scénarios pour ces écosystèmes. Pour répondre à ces questions, le Laboratoire Ecologie et Modèle (EMH) acquiert des connaissances sur les écosystèmes marins et les activités anthropiques et met en œuvre des modèles et des approches quantitatives sur la base de données empiriques, dans un contexte d’approche écosystémique des pêches.

L’évaluation de stock fournissant des estimations d’abondance des espèces exploitées est une composante importante de la gestion de pêche durable. Grâce à la génétique, depuis quelques années, une nouvelle méthode d’estimation d’abondance est devenue disponible, il s’agit de l’approche «close-kin mark-recapture» (CKMR). Dans le cadre du projet ACOST (Amélioration de la COnnaissance sur des STocks du golfe de Gascogne : Lieu jaune, Maigre, Merlan et Rouget-barbet) qui est financé par France Filière Pêche, ce post doctorat appliquera l’approche CKMR au maigre sur la base de individus adultes et juvéniles génotypés.

Missions principales

1. Etudier l’application de l’approche close-kin mark-recapture au maigre du golfe de Gascogne par simulation et analyse et modélisation de données biologiques et génétiques.

Activités principales

1. Réalisation d’une étude de simulation en vue de l’application de l’approche close-kin mark-recapture au maigre du golfe de Gascogne en utilisant les R packages CKMRpop et CKMRsim.
2. Préparation des données de génotypage (SNP) pour le maigre sur la base de critères de qualité.
3. Identification des individus apparentés en utilisant le R packages kinference et/ou Colony.
4. Compilation d’information biologique et développement de modèles d’estimation d’abondance avec le R package TMB en utilisant les couples parents-descendants et (demi)-frères/sœurs pour l’estimation.
5. Contribution au reporting du projet ACOST, rédaction de publication(s) et présentation des résultats.

Champs relationnel

1. En interne: unité HALGO, UMR DECOD.
2. En externe: partenaires projet ACOST.

Profile

Vous êtes titulaire d'une thèse en océanographie ou similaire (obtenue il y a moins de 3 ans), et vous avez une solide formation en mathématiques, physique et techniques numériques, avec une spécialisation en océanographie, mécanique des fluides ou similaire.

Une expertise dans l'un ou plusieurs des domaines suivants : océanographie de l'Arctique, dynamique des vagues de surface, analyse d'images scientifiques, techniques de télédétection (en particulier aérienne), constituerait un avantage significatif.

Compétences mises en œuvre

Connaissances, compétences et capacités scientifique de recherche universitaire avec des connaissances en :

1. Mathématiques, physique, océanographie, télédétection.
2. Techniques numériques scientifiques.
3. Rédaction académique, présentation scientifique.

Qualités humaines :

1. Créatif; capable de penser en dehors des sentiers battus.
2. Fortement motivé.
3. Capable de travailler en équipe.
4. Capable de travailler en anglais.
5. Le français est un atout.

Conditions de travail

1. Poste à temps plein.
2. Travail de bureau.
3. Possibilité de travailler en mer à bord de navires de recherche et de petits bateaux.
4. Déplacements jusqu'à 3 mois en France et à l'étranger.

Toutes nos candidatures sont traitées via notre site carrière. Pour plus de renseignements sur le poste, envoyez votre mail à.

Profil recherché

1. Doctorat en halieutique, écologie quantitative ou statistique appliquée.

Compétences techniques / métiers

1. Modélisation statistique appliquée à l’écologie.
2. Dynamiques de population.
3. Anglais courant.
4. Capacités rédactionnelles (articles, rapports).
5. Programmation (e.g. R).

Qualités personnelles :

1. Autonomie, rigueur, curiosité.
2. Capacité à travailler en équipe.

Conditions de travail

1. Temps plein.
2. Durée 18 mois.