Dynamique et désordre molèculaire dans la machinerie de réplication du virus SRAS CoV 2

Description du sujet de thèse

Domaine

Sciences du vivant

Sujets de thèse

Dynamique et désordre molèculaire dans la machinerie de réplication du virus SRAS CoV 2

Contrat

Thèse

Description de l'offre

La protéine de nucléocapside (N) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) est essentielle à la réplication du génome, à l'encapsidation du génome viral et à la régulation de la transcription des gènes. La protéine est fortement désordonnée, comprenant deux terminaisons désordonnées et un domaine central désordonné qui sont essentiels à sa fonction. Le domaine central contient un certain nombre de mutations importantes qui sont responsables de l'amélioration de l'aptitude virale et comprend une région qui est hyperphosphorylée pendant le cycle viral. La spectroscopie RMN est l'outil de choix pour étudier le comportement conformationnel des protéines intrinsèquement désordonnées, une classe abondante de protéines qui sont fonctionnelles sous leur forme désordonnée. Elles représentent 40 % du protéome et sont trop dynamiques pour être étudiées par cristallographie ou microscopie électronique. Le laboratoire hôte a développé un grand nombre d'outils uniques basés sur la RMN pour aider à comprendre la fonction de cette classe de protéines à une résolution atomique. Nous utiliserons la RMN, la RMN paramagnétique, la diffusion aux petits angles, le FRET de molécule unique et la microscopie électronique, en combinaison avec la simulation de la dynamique moléculaire, pour décrire les interactions de N avec les protéines partenaires virales et l'ARN viral, pour décrire le processus d'encapsidation du génome viral par la protéine nucléocapside, ainsi que l'impact des mutations présentes dans les variantes de la préoccupation. Les résultats seront corrélés avec la microscopie optique et électronique, réalisée en collaboration.

Université / école doctorale

Ecole Doctorale de Physique de Grenoble (EdPHYS)
Université Grenoble Alpes

Localisation du sujet de thèse

Site

Grenoble

Critères candidat

Formation recommandée

biophysique, biochimie

Demandeur

Disponibilité du poste

01/10/2025

Personne à contacter par le candidat

BLACKLEDGE Martin
martin.blackledge@ibs.fr
CEA
DRF/IRIG//IBS
Protein Dynamics and Flexibility
Institut de Biologie Structurale
CAMPUS EPN
71 avenue des Martyrs
CS 10090
38044 Grenoble Cedex 9
France

0457428554

Tuteur / Responsable de thèse

BLACKLEDGE Martin
martin.blackledge@ibs.fr
CEA
DRF/IRIG//IBS
Protein Dynamics and Flexibility
Institut de Biologie Structurale
CAMPUS EPN
71 avenue des Martyrs
CS 10090
38044 Grenoble Cedex 9
France

0457428554

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