Développement d’un pipeline bioinformatique pour l'analyse de données de panels (MOABI, APHP)

Développement d’un pipeline bioinformatique pour l'analyse de données de panels (MOABI, APHP)

Au sein du pôle Innovation et Données (I&D) de la DSN de l'AP-HP, la plateforme de bioinformatique MOABI a pour missions la centralisation progressive du stockage des données de génomique produites au niveau de 39 hôpitaux, leur analyse dans le cadre de processus maitrisés et normalisés, la mise à disposition d’outils d’exploitation des résultats, l’animation d'une communauté bioinformatique de l’AP-HP regroupant plusieurs dizaines d'ingénieurs, le support technique et scientifique, la formation et la veille technologique en bioinformatique.

Description du stage :
Nous recherchons un(e) stagiaire en Master 2 pour participer au développement d’un nouveau pipeline d’analyse de données de panels. Le projet consistera à :

1. Développer un pipeline en utilisant Snakemake pour le traitement des données de séquençage.
2. Effectuer une recherche bibliographique sur les outils bioinformatiques disponibles.
3. Construire des conteneurs Docker si nécessaire pour les nouveaux outils à intégrer.
4. Tester le pipeline sur un jeu de données et analyser les résultats.
5. Étudier l’impact de diverses modifications, telles que la mise à jour ou le remplacement de certains logiciels et la suppression de certaines étapes.
6. Evaluer les performances du nouveau pipeline en le comparant avec les pipelines existants sur la plateforme.

Compétences techniques requises :

• Bonne maîtrise des langages Python et Bash.
• Connaissance de Snakemake.
• Expérience de l’environnement Linux/Unix.
• Familiarité avec les données de short read sequencing.
• Connaissances en bioinformatique : contrôle qualité, mapping, variant calling.

Compétences personnelles recherchées :

• Excellentes qualités relationnelles et sens du travail en équipe.
• Bonnes capacités organisationnelles et de communication.
• Rigueur, autonomie, et dynamisme.
• Curiosité, adaptabilité, et capacité à anticiper.
• Intérêt marqué pour les sciences biologiques et/ou médicales.
• Adhésion aux valeurs du service public et au domaine de la santé.
• Esprit de partage des connaissances et des compétences.

Informations complémentaires :

Durée du stage : 6 à 8 mois.

Dossier de candidature : Envoyer une lettre de motivation et un CV à :

• ismael.padioleau@aphp.fr
• guillaume.meurice@aphp.fr
• mathilde.bertrand@aphp.fr

Procédure : Envoyer un email aux contacts.

Offre publiée le 18 octobre 2024, affichage jusqu'au 31 décembre 2024.