Chargé de mission recherche « Elaboration d’un Observatoire multi-sources de ...

Contexte du recrutement et définition de poste

PRÉAMBULE

Dans le domaine des sciences naturelles et humaines, le Muséum contribue à la production, au développement et au partage des connaissances sur la diversité géologique et biologique de la Terre, sur la diversité des cultures et des sociétés et sur l'histoire de la planète. À cette fin, le MNHN a pour mission de développer en synergie la recherche fondamentale et appliquée, l'expertise, la valorisation, l'enrichissement, la conservation et la mise à disposition des collections et des données, la formation dont l'enseignement, l'action éducative, et la diffusion de la culture scientifique et technique à l'intention de tous les publics.

CONTEXTE

Le MNHN développe à Dinard - grâce à sa station marine et aux unités qu’elle accueille (UMR ISYEB, UMR BOREA et UAR PatriNat) - un programme de recherche et d’observation sur l’analyse des réponses de la biodiversité marine côtière aux pressions environnementales d’origine naturelle et anthropique. L’approche holistique développée inclut notamment le suivi écologique des peuplements de poissons côtiers rocheux et la structure et les fonctionnalités de leurs habitats.

S’insérant dans cette dynamique, le projet IndieRock est une coopération entre :

• L’UMR BOREA (MNHN, CNRS 8067, SU, IRD 207, UCN, UA), notamment l’équipe BIOPAC, dont les thématiques de recherche portent, entre autres, sur la macroécologie et la conservation, avec un intérêt fort pour la description des patrons de biodiversité ainsi que des forçages naturels et anthropiques qui les façonnent ;
• L’Unité d’Appui et de Recherche PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD), notamment la cellule « poissons côtiers et espèces patrimoniales » de l’équipe Expertise en Ecologie Marine hébergée à Dinard, qui travaille au développement des méthodes de surveillance et d’évaluation de l’état écologique des poissons côtiers dans le cadre de la mise en œuvre des politiques publiques internationales (OSPAR, Barcelone), européennes (DCSMM, DHFF, DCE), nationales (e.g. Observatoire Eolien en Mer) et locales (e.g. AMPs, ZPF) ;
• L’Unité Mixte de Recherche MARBEC (IRD, Ifremer, Université de Montpellier, CNRS) dont les thématiques de recherche portent sur la compréhension de la dynamique et du fonctionnement des écosystèmes marins en lien avec les pressions qui s’y exercent.

Le projet IndieRock vise à contribuer au développement méthodologique de l’observation et la surveillance des peuplements de poissons côtiers rocheux d’atlantiques NE et méditerranéens, au travers la mise au point d’une stratégie de suivis long terme reposant sur la combinaison de 3 approches complémentaires : les comptages visuels en plongées, les comptages sur stations vidéo appâtées et le metabarcoding d’ADNe. Les 3 laboratoires partenaires disposent déjà de bases de données importantes. Ces données serviront de terreau au projet, qui consistera principalement en des analyses statistiques.

Les travaux du projet IndieRock s’articuleront autour de 4 grands objectifs :

• Proposer une harmonisation des méthodes de suivis des poissons rocheux à l’échelle européenne, grâce à un guide méthodologique structuré autour d’une clé de décision permettant de sélectionner les protocoles les plus adaptés aux contraintes environnementales locales.
• Caractériser les variabilités spatio-temporelles des peuplements de poissons et identifier les principales variables environnementales et anthropiques structurantes de ces communautés.
• Développer des métriques composites (combinant les données UVC, vidéos et ADNe) potentiellement indicatrices de certaines pressions anthropiques en vue de répondre aux besoins d’évaluations dans le cadre des politiques publiques (notamment DCSMM).
• Transférer la connaissance et les outils développés vers la communauté scientifique (e.g. publications rang A) mais aussi les opérateurs et décideurs de l’observation et surveillance côtière (e.g., outils shiny, notes, présentations).

DESCRIPTION DES MISSIONS

Au sein de l’UMR BOREA, et en liens fonctionnels étroits avec PatriNat cellule « poissons côtiers et espèces patrimoniales » et l’UMR MARBEC, la ou le titulaire du poste sera en charge des analyses biostatistiques et de la valorisation de données pour le projet Indie-Rock.

Plus spécifiquement, la personne recrutée devra :

• Assurer la gestion des données : Compiler de manière inter-opérables les différents jeux de données mis à disposition (UVC, BRUV et ADNe) ainsi que les variables environnementales caractérisant les sites et périodes échantillonnées, et les traits caractérisant les espèces.
• Assurer les analyses de données : mettre en œuvre des routines permettant de répondre aux objectifs suscités, notamment en testant les relations au sein et entre les matrices Espèces x Traits, Sites x Espèces, Sites x Environnement.
• Assurer la production d’indicateurs et de cartographies synthétiques permettant de visualiser les patrons spatiaux dans l’état écologique des peuplements de poissons, et identifier les sites à forts enjeux de conservation.
• Assurer la valorisation des résultats obtenus par la rédaction de rapports techniques, d’articles scientifiques et par des communications lors de conférences scientifiques nationales et internationales.
• Participer au développement d’une application web (shiny) pour faciliter le traitement et la visualisation des résultats.
• Participer à des campagnes de collecte de données sur le terrain, comparables aux protocoles et milieux traités par le projet IndieRock.

MODALITES DE TRAVAIL

La/le titulaire du poste sera agent(e) du Museum National d’Histoire Naturelle, affecté(e) au sein de l’unité BOREA, et hébergé à la station marine de Dinard. Il ou elle sera sous la responsabilité hiérarchique d’Eric Feunteun (Pr MNHN, UMR Borea). Elle/il travaillera sous les coresponsabilités fonctionnelles de Eric Feunteun, Pierre Thiriet (Dr CDI OFB, UAR PatriNat) et David Mouillot (PR UM, UMR MARBEC). Elle/il devra par ailleurs respecter les règles d’accueil dictées par le chef de la station marine de Dinard du MNHN.

Partenaires internes MNHN :

• Membres de l’UMR BOREA
• Experts & scientifiques de la station marine de Dinard
• Membres de la cellule « poissons côtiers et espèces patrimoniales » de PatriNat
• Equipe « Expertise en Ecologie Marine » et autres équipes de PatriNat

Partenaires externes :

• Membres de UMR MARBEC, dont les ingénieurs ADNe et IA
• Services de la direction de la Surveillance, de l’Évaluation et des Données de l’OFB (DSUED)
• Partenaires européens impliqués dans l’étude pilote Biodiversa+

Profil recherché

CONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISES

• Diplôme de niveau Bac+5 en écologie marine.
• Justifier de 2 années d’expérience niveau ingénieur sur une thématique similaire à celle d’IndieRock.

QUALIFICATIONS REQUISES

• Bonnes connaissances naturalistes et écologiques des peuplements de poissons côtiers récifaux européens (Atlantique Nord Est, Méditerranée).
• Bonnes connaissances des méthodes utilisées pour le suivi des peuplements de poissons côtiers.
• Bonne connaissance en stratégie d’échantillonnage (e.g. BACI, gradient analysis).
• Bonne connaissance théorique en écologie des communautés et analyses de traits de vie.
• Maitrise de l’environnement R. Couplé à l’utilisation de Rmarkdown et éventuellement GitHub.
• Maitrise des principales méthodes multidimensionnelles et de leur application en écologie des communautés.
• Maitrise des outils de SIG.
• Compétence et expérience en metabarcoding sur ADNe (échantillonnage et analyse des données).
• Bonne connaissance du cycle de vie et de la gestion de la donnée (e.g., principes FAIR, Open Data).
• Maitrise de la rédaction et communication scientifique en français et anglais.
• Fortes aptitudes à travailler aussi bien en équipe qu’en autonomie, qualités relationnelles.
• Rigueur, excellent sens de l’organisation.
• Gestion de projets collaboratifs multi-partenaires.
• Français et Anglais, opérationnel à l’écrit comme à l’oral.

Information(s) complémentaire(s)

Venez rejoindre un établissement chargé d’histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d’une grande variété de métiers et d’activités, le Muséum vous propose d’intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.

Le contrat

Localisation : Dinard

Contrat : CDD de 3 ans à partir du 1er avril 2025

Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels

Les avantages

Forfait mobilités durables (vélo ou covoiturage)

Télétravail possible jusqu’à deux jours par semaine après 4 mois d'ancienneté selon le poste

Tickets restaurant

Prise en charge partielle de votre mutuelle selon conditions

Un comité social et une association sportive et culturelle

Accès illimité aux sites de l’établissement avec invités