Biostatisticien(ne)

CDD·Ingénieur autre·12 mois(renouvelable) Bac+5 / Master AURAGEN·LYON (France) 34 -38k€ brut salarial

Date de prise de poste : 1 janvier 2025

PFMG 2025 - méthodes d’inférence statistique - analyse de données de grande dimension - génome - analyse contrôle qualité - séquençage à très haut débit - modèles log-linéaires généralisés

Poste pouvant déboucher sur un CDI - Prise de poste dès que possible selon disponibilité du candidat retenu

Rémunération à ajuster au regard du profil et de l'expérience du candidat

CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE

Le projet AURAGEN est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025). Il intègre la plateforme de séquençage à très haut débit à visée sanitaire localisée sur l’hôpital Edouard Herriot, dont l’objectif est de produire, à terme, 18 000 équivalents génomes par an. Cette plateforme a pour missions de recevoir les prélèvements, extraire l’ADN, préparer les librairies et réaliser des exomes, transcriptomes et génomes entiers.

Le Service de Biostatistique / Bioinformatique des Hospices Civils de Lyon (HCL) [Dir Pr Delphine Maucort-Boulch] et l’Equipe Biostatistique Santé [Dir Dr Muriel Rabilloud] du Département Statistiques et Modélisation pour les Sciences de la Santé du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive [Dir Dr Fabrice Vavre] représentent les valences Hospitalière et Universitaire d’une même équipe de Biostatisticiens/Bioinformaticiens implantés sur le CHU de Lyon. Les modèles statistiques développés sont appliqués à recherche clinique, à la recherche épidémiologique, et à l’analyse des données de grande dimension (données massives).

Cette équipe accompagne aujourd’hui différents programmes d’implémentation de modèles d’Intelligence Artificielle sur le CHU de Lyon.

DÉFINITION GÉNÉRALE DU POSTE

La contribution attendue concerne la mise en place d’études et le développement de modèles statistiques pour le suivi longitudinal du contrôle de qualité des étapes humides du séquençage de l’ADN. Il s’agit de fournir des indicateurs de qualité à l’étape de production, de développer des modèles pour le suivi longitudinal de ces indicateurs, et d’analyser leurs déterminants. Des modèles log-linéaires généralisés à effet mixtes intégrant des fonctions souples (GAM, splines cubiques restreints) seront utilisés. Le / la biostatisticien(ne) en charge de ces analyses travaillera en collaboration avec les acteurs du laboratoire humide et les bioinformaticiens(nes) de la plateforme AURAGEN.

PRINCIPALES ACTIVITÉS DU POSTE

Le/la biostatisticien(ne) :

1. Implémentera des études pour le suivi longitudinal du contrôle de qualité de la partie humide du séquençage de l’ADN (dessin d’étude, calibration, mise en place, suivi, programmation statistique, outil de suivi à long terme) en interaction avec le biologiste responsable.
2. Effectuera les analyses statistiques des résultats de ces contrôles de qualité, rédigera les rapports d’analyses statistiques correspondants.
3. Assurera une veille technologique sur les outils et les méthodes.
4. Aidera les biologistes de la plateforme AURAGEN à l’interprétation des résultats des contrôles de qualité effectués dans le cadre de réunions pluridisciplinaires.

Livrables :

1. Plans d’analyses statistiques des études de contrôle de qualité réalisées (mensuels).
2. Rapports d’analyse des études de contrôle de qualité réalisées (trimestriels).
3. Contributions aux publications scientifiques (semestrielles).

DIPLOME, CONNAISSANCE, COMPETENCES et LIENS FONCTIONNELS

Diplôme :

1. Diplôme d’ingénieur en Biostatistique / Bioinformatique, ou d’un master 2 de Biostatistique/Bioinformatique, ou d’un Doctorat de Biostatistique/Bioinformatique.

Compétences requises :

1. Une expérience professionnelle d’un minimum de 3 ans est souhaitée.
2. Expérience en Analyse Biostatistique / Bioinformatique des données omiques.
3. Expérience en développement de schémas d’études adaptés à l’analyse de données de séquençage de l’ADN.
4. Expérience approfondie en programmation sous R.
5. Notions de programmation Python.

Capacités organisationnelles et interpersonnelles :

1. Motivation et dynamisme.
2. Organisation et rigueur.
3. Autonomie et travail en équipe.
4. Aptitude à communiquer/vulgariser son travail.

LIENS HIERARCHIQUES

Le Directeur du Département Statistiques et Modélisation pour les Sciences de la Santé (Pr Pascal Roy), La Responsable médicale du LBMMS AURAGEN (Pr Christine Vinciguerra), Le Directeur Scientifique AURAGEN (Pr Jean-Yves Blay).

LIENS FONCTIONNELS

Les responsables des différents axes du Programme AURAGEN, Le biologiste médical et l’ingénieur de la plateforme de production, Les bio-informaticiens impliqués dans la plateforme AURAGEN, Les biologistes impliqués dans les différentes activités et les différents services hospitaliers, Les cliniciens, Les ingénieurs qualité et data manager, Les techniciens de laboratoire.

CONDITIONS DE TRAVAIL - EVOLUTION DU POSTE

Poste à 100% - 28 CA/an + 15 RTT/an (journée de solidarité à déduire). Le poste est localisé dans le Service de Biostatistique-Bioinformatique des Hospices Civils de Lyon (HCL) avec une présence régulière sur le laboratoire humide. Evolution du poste en fonction de l’employeur partenaire du GCS-AURAGEN.

Procédure : Dossier de candidature: CV + lettre de motivation + contact permettant le contrôle des références. Transmission par mail à: pascal.roy@chu-lyon.fr + christine.vinciguerra@chu-lyon.fr avec copie à: flore.matthieu@chu-lyon.fr + secretariat@auragen.fr. Objet du mail: Candidature au poste de biostatisticien(ne).

Flore MATTHIEU - Directrice Opérationnelle GCS AURAGEN

flore.matthieu@chu-lyon.fr

Offre publiée le 10 décembre 2024, affichage jusqu'au 31 décembre 2024.