BIOINFORMATICIEN (H/F)

CDD·IE·6 mois Bac+5 / Master Institut de Myologie·Paris (France)

NGS, R, Python, données omiques, biomarqueurs

L’Institut de Myologie

Situé à Paris, au cœur du plus grand centre hospitalier européen, l’hôpital Pitié-Salpêtrière, l'Institut de Myologie est né en 1996 sous l’impulsion d’une association de malades et parents de malades, l'AFM-Téléthon. Son objectif: favoriser l’existence, la reconnaissance et l’essor de la myologie en tant que discipline clinique et scientifique à part entière. L’Institut de Myologie coordonne, autour du malade, la prise en charge médicale, la recherche fondamentale, la recherche appliquée, la recherche clinique et l’enseignement. Demain, la Fondation de Myologie, en cours de création, permettra de pérenniser et d’élargir les actions de l'Institut de Myologie. Aujourd’hui, l’Institut de Myologie, c’est 300 experts du muscle et de ses maladies, 34 000 dossiers de patients depuis l’origine, plus de 6000 consultations annuelles, un centre de recherche en myologie…

Dans le cadre de notre transformation digitale, nous recrutons un Bioinformaticien (H/F) pour concevoir des pipelines d’analyse bioinformatique, accompagner et superviser les équipes dans leur utilisation, et participer à des projets ponctuels nécessitant des outils bioinformatiques.

Vous serez également amené à contribuer à la formation des équipes de l’Institut (comptant plus de 300 collaborateurs) sur les bonnes pratiques de gestion des données et sur l’utilisation des outils adaptés.

Vous intégrerez une équipe en pleine croissance et évolution, composée actuellement d’une data manager clinique, de deux bioinformaticiennes, de deux biostatisticiens et d’un responsable data.

Les missions principales :

Coordination : Contribuer à la coordination des activités bioinformatiques de l’Institut.

Support : Être le point de contact des groupes de recherche pour concevoir des pipelines d’analyse adaptés et transverses.

Analyses complexes :

• Transcriptomique : RNAseq, scRNAseq, splicing, RNAseq spatiotemporel.
• Génomique : séquençage WES/WGS. Séquençage de longue lecture en utilisant le système PacBio.
• Protéomique et phospho-protéomique.
• Méthylomique et autres domaines connexes.

Intelligence artificielle : Implémenter des approches en machine learning et deep learning.

Formation et accompagnement : Former ou accompagner les chercheurs, médecins, ingénieurs, kinésithérapeutes et étudiants dans leur montée en compétences en bioinformatique.

Collaboration : Travailler en synergie avec les autres entités du pôle Data (data management, biostatistique).

Qualifications :

• Doctorat ou Master en génétique, biologie cellulaire/moléculaire, bioinformatique, informatique, ou domaine similaire.
• Une expérience d’au moins 1 an en bioinformatique appliquée à la recherche biomédicale, notamment dans l’analyse de données omiques.
• Gestion globale de projets d’analyse bioinformatique.

Compétences requises :

Savoir-Faire :

• Développement et utilisation de pipelines d’analyse bioinformatique.
• Assurer la qualité et la cohérence des données omiques/biomarqueurs.
• Préparation des données omiques : normalisation, contrôles de cohérence, mise en forme.
• Maitrise des langages R et Python (incluant des bibliothèques pour l’analyse omique, machine learning, deep learning).
• Expérience en analyse de données NGS.
• Utilisation d’outils d’analyse omique (par exemple : Qiagen Ingenuity).
• Connaissance des bonnes pratiques Git/GitHub (un atout).
• Conformité avec les réglementations françaises et européennes sur les données de santé.
• Participation à des démarches qualité.
• Bonne maîtrise écrite et orale de l’anglais.

Savoir-Être :

• Rigueur et organisation.
• Pédagogie et aptitude à vulgariser des concepts techniques.
• Esprit d’analyse et de synthèse.
• Esprit d’équipe et capacité à collaborer avec des profils variés.
• Proactivité dans la résolution de problèmes.

Poste basé à l’Hôpital Pitié-Salpêtrière (Paris 13e) et à pourvoir dès que possible en contrat à durée déterminée de 6 mois. Possibilité de bénéficier de chèques déjeuner et d’une mutuelle avec une prise en charge de l’employeur.

Merci d’adresser par courrier électronique votre dossier de candidature (CV + lettre de motivation) à l’adresse suivante : recrutement-aim@institut-myologie.org

Date limite : 20 décembre 2024

Offre publiée le 3 décembre 2024, affichage jusqu'au 20 décembre 2024.