Bioinformaticien H/F

CDD·IR·12 mois

Poste: Bac+8 / Doctorat, Grandes Écoles

Institut: Institut Bergonié·BORDEAUX CEDEX (France)

Salaire: 39K € bruts/an

Date de prise de poste: 1 avril 2025

Domaines: bioinformatique, biopathologie, pathologie moléculaire, santé numérique

L’Institut Bergonié est le Centre de Lutte Contre le Cancer de Nouvelle Aquitaine, assurant une triple mission: le soin, l’enseignement et la recherche en cancérologie.

Il dispose d’une Direction Données et santé numérique (DDSN) en charge de l’innovation organisationnelle et technologique, du développement de dispositifs de santé numérique, et du traitement bio-informatique des données haut débit. Vous serez rattaché(e) à l’Unité Bio-informatique, composée principalement d’ingénieurs possédant une double compétence en santé et en informatique.

Missions principales:

• Développer et mettre en production les outils bio-informatiques nécessaires pour:

1. lancement du projet sur la requête de la cohorte de patients cibles.
2. export, structuration, analyse et annotation des données pour alimenter la base d’entraînement et de validation du modèle prédictif.
3. centralisation des données obtenues dans un eCRF structuré.
4. traçabilité des actions techniques de chaque équipe impliquée.

Activités générales:

• Développer un outil de sélection des patients éligibles basé sur des critères d’inclusion prédéfinis.
• Développer un outil croisant les données moléculaires pour annoter l’origine des variants plasmatiques.
• Développer un outil d’analyse in silico des caractéristiques fragmentomiques.
• Centraliser les données cliniques et moléculaires dans un eCRF structuré.

Activités spécifiques:

• Se former à l’utilisation des systèmes informatiques et solutions logicielles de l’institut.
• Participer au suivi du projet.
• Intégrer les nouvelles données de la littérature dans le développement des outils.
• Collaborer avec les autres bio-informaticiens pour la bonne articulation des projets.
• Interagir avec l’unité de Pathologie Moléculaire et les autres équipes impliquées.

Compétences requises:

• Ingénieur (bio-)informatique, Master bio-informatique, ou équivalent.
• Appétence pour les données.
• Expérience en analyse et manipulation des données génomiques.
• Connaissance en cancérologie appréciée.
• Travail sous environnement Linux.
• Maîtrise du langage Python.
• Développement application web (Python FastAPI).
• Connaissance des SGBD.
• Autonomie et capacité d’apprentissage rapide.

Votre cadre de travail:

Vous travaillez du lundi au vendredi, 39h par semaine, ce qui vous permet de bénéficier de 25 congés payés légaux et 22 jours de RTT par an.

En intégrant l’Institut Bergonié, vous bénéficiez de la grille de rémunération et des avantages de la convention collective des CLCC.

À l’embauche, à partir de 39K€ brut annuel, statut cadre, télétravail possible.

Situé au cœur de Bordeaux, l’Institut est accessible par les transports en commun. La restauration collective sur place est à tarif préférentiel. Le Comité Social et Économique propose de nombreuses prestations (places de cinéma, chèques cadeaux, chèques vacances…).

Procédure: Expression des candidatures (CV et lettre de motivation) à bergonie.recrutement@bordeaux.unicancer.fr. Les candidatures seront pré-sélectionnées par le service RH avant d'être transmises à l'équipe projet.

Offre publiée le 12 février 2025, affichage jusqu'au 31 mars 2025.