Bioinformaticien Analyste Senior : Données multiomiques

Bioinformaticien Analyste Senior : Données multiomiques

CDI de projets·IR·60 mois(renouvelable) Bac+8 / Doctorat, Grandes Écoles Gustave Roussy·Villejuif (France)

Le groupe de Bioinformatique Clinique Exploratoire au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) de médecine de précision PRISM à Gustave Roussy recherche un(e) Bio Informaticien(ne) expérimenté(e) et animé(e) par la volonté d’analyser des données dans un contexte de recherche clinique. L’IHU PRISM est un programme multidisciplinaire et transversal visant à mieux comprendre la biologie de chaque cancer afin de réduire la mortalité.

Dans ce rôle clé, vous apporterez votre expertise en analyse de données multiomiques pour répondre à des questions de recherche clinique à partir de larges cohortes de patients atteints de cancer. Au sein d’une équipe dynamique, vous contribuerez à fournir une vision unifiée et contextualisée cliniquement de données multiomiques générées par les programmes de recherche clinique de l’Institut. Vous jouerez un rôle essentiel pour répondre aux dernières questions de recherche translationnelle en oncologie et favoriserez les collaborations avec les équipes de recherche afin de développer des analyses avancées et des outils d’IA dédiés à la médecine translationnelle.

Résumé du projet

Dans ce poste, vous serez responsable de la mise en œuvre et du développement de stratégies d’analyse de données visant à répondre aux questions de recherche clinique posées par les équipes de programme clinique. Vous appliquerez les méthodologies d’analyse les plus récentes à des données issues de technologies spatial-transcriptomique, single-cell, bulkRNA-seq, WGS et exome, afin d’identifier les processus biologiques clés influençant les différences phénotypiques entre patients. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les équipes de programme pour développer des informations cliniques utiles qui amélioreront in fine la prise en charge des patients.

Principales responsabilités

1. Apporter une expertise en analyse de données pour aider les équipes de programmes cliniques à atteindre leurs objectifs de recherche.
2. Analyser des données multiomiques complexes afin de répondre à des questions de recherche clinique spécifiques, en appliquant une large gamme de méthodologies et de ressources.
3. Travailler en étroite collaboration avec les équipes cliniques tout au long du processus de découverte, les aidant à interpréter les résultats et à orienter leurs décisions de recherche.
4. Développer des méthodes innovantes pour présenter des résultats clairs et documentés aux équipes.
5. Développer et mettre en œuvre une stratégie d’analyse spatial-transcriptomique pour caractériser pleinement les échantillons de patients.
6. Collaborer avec l’équipe de Bioinformatique Clinique Exploratoire pour intégrer des méthodes validées dans les workflows de la plateforme.
7. Fournir une expertise permettant d’orienter la conception expérimentale et l’approche analytique.
8. Travailler de manière autonome à toutes les étapes du workflow d’analyse de données.
9. Contribuer au développement des compétences de l’équipe en mentorant et en partageant votre expertise et votre expérience.
10. Assurer une veille technologique et scientifique pour rester informé·e des évolutions en bioinformatique.
11. Participer et contribuer aux réunions, ateliers et séminaires de Gustave Roussy.
12. Publier le cas échéant.

Expérience et compétences clés

Le·La titulaire du poste devra incarner et démontrer les valeurs fondamentales suivantes : ouverture, dynamisme, imagination, esprit collégial, ainsi que :

1. Diplôme dans une discipline pertinente avec une forte composante analytique.
2. Expérience dans l’analyse de différents types de données de séquençage haut-débit en environnement de recherche.
3. Excellentes compétences en R et/ou Python.
4. Bonne compréhension théorique des méthodologies bioinformatiques.
5. Expérience avec les technologies spatial-transcriptomiques et single-cell.
6. Bonnes compétences en Linux et HPC.
7. Capacité à travailler de manière autonome au long du workflow d’analyse.
8. Expérience dans le mentorat et le partage d’expertise.
9. Connaissances en biologie moléculaire et cellulaire.
10. Maitrise de l’anglais.

Procédure : Envoyer CV + LM + Références scientifiques à "Philip.EAST@gustaveroussy.fr;Marc.DELOGER@gustaveroussy.fr;Armelle.SEJEAN@gustaveroussy.fr"

Date limite : 3 février 2025

Offre publiée le 7 janvier 2025, affichage jusqu'au 3 février 2025