Assistant ADMINISTRATIF communication (2019-7372)

Ingénieur de recherche (H / F) - Conception et développement d’un assistant de recherche d’intelligence artificielle pour la métabolomique, Valbonne

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur de recherche (H / F) - Conception et développement d’un assistant de recherche d’intelligence artificielle pour la métabolomique

Référence : UMR7272-LOUNOT-001

Nombre de Postes : 1

Lieu de travail : VALBONNE

Date de publication : mercredi 12 février 2025

Durée du contrat : 36 mois

Date d'embauche prévue : 1 avril 2025

Quotité de travail : Complet

Rémunération : entre 2875 euros et 3550 euros en fonction de l'expérience.

Niveau d'études souhaité : BAC+5

Expérience souhaitée : 1 à 4 années

BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Dans le cadre du consortium scientifique franco-suisse MetaboLinkAI (ANR-24-CE93-0012-01, co-coordonné par le CNRS et l’ETH Zurich), l’ingénieur (H / F) de recherche contribuera à la conception et au développement d’un assistant de recherche d’intelligence artificielle (IA) utilisant des modèles de langage avancés. Ce système d’IA, déployé dans un cadre d’intégration des connaissances scientifiques et des données issues d’analyses métabolomiques, vise à améliorer la recherche sur le métabolisme et ses fonctions, notamment le rôle des métabolites dans les processus biologiques et la découverte de nouvelles molécules bioactives.

L’ingénieur (H / F) de recherche assurera également une partie de la gestion du projet (25%), en collaboration avec les co-coordinateurs et les partenaires. Il / elle aura un rôle central dans l’intégrité des répertoires de code source, du suivi des contributions collectives et de l’organisation des interactions / événements de cette collaboration internationale.

La durée du contrat est de trois ans, avec une possibilité d’extension d’une année supplémentaire à son terme.

Activités

1. Développement et optimisation de l’assistant de recherche IA pour la métabolomique

• Concevoir un système à base d’agents d’intelligence artificielle exploitant des modèles de langage avancés (LLMs) et des graphes de connaissances, et pilotable en langue naturel.
• Implémenter des techniques d’optimisation des interactions entre les grands modèles de langage et les graphes de connaissances, notamment scientifiques (système multi-agents IA, chaînage de requêtes, prompts adaptatifs, gestion de l’incertitude des données).
• Intégrer des méthodes computationnelles pour le traitement et l’annotation des données issues de spectrométrie de masse (détection des signaux, annotations spectrales, traitement statistique).
• Concevoir un cadre (back-end) et une interface utilisateur flexible (front-end) pour l’exploitation de l’assistant de recherche IA.
• Intégrer des outils de visualisation avancés et interactifs pour la représentation des résultats métabolomiques (graphes, diagrammes, cartes de réseaux métaboliques, structuraux et spectraux).
• Assurer une intégration harmonieuse des développements de l’assistant IA avec l’écosystème MetaboLinkAI.
• Expérimenter et évaluer différentes architectures d’agents IA afin de répondre à un ensemble de questions scientifiques de référence.
• Concevoir des démonstrateurs de l’agent conversationnel pour différents scénarios d’application.
• Déployer une instance publique de l’assistant IA de MetaboLinkAI pour un projet scientifique emblématique (à déterminer).

1. Gestion de projet (25%)

Participer à la coordination et au suivi rigoureux des activités des différents partenaires et collaborateurs du consortium en lien avec l’assistant IA.

Assurer une veille technologique sur les dernières avancées en IA, notamment pour le développement informatique et le maintien semi-automatisé des répertoires de code source ouvert.

Proposer et mettre en place des protocoles et outils visant à accélérer les développements informatiques et assurer la formation des développeurs du consortium.

Veiller à l’adhésion aux principes, aux standards ouverts, et à la standardisation du code développé, conformément au Plan de Gestion des Données.

Contribuer à la rédaction des rapports techniques et des documents de synthèse sur l’avancement du projet.

Organiser et animer les réunions de projet ainsi que les événements scientifiques associés.

Contribuer à la gestion des ressources informatiques partagées, notamment au déploiement des modèles IA.

Diffuser les communications du projet MetaboLinkAI via les réseaux sociaux, le site web et d’autres canaux de communication.

1. Contribution scientifique et valorisation

Contribuer à la rédaction d’articles scientifiques et de communications pour des conférences internationales.

Présenter les avancées du projet lors d’événements scientifiques nationaux et internationaux.

Assurer la mise à disposition en code ouvert des outils développés.

Possibilité de réalisation d’une thèse de doctorat.

Compétences

Compétences techniques

• Excellente maîtrise de la programmation en Python.
• Excellente maîtrise des outils d’IA pour les développements informatiques.
• Expérience en intelligence artificielle générative, notamment dans le développement d’agents conversationnels (LangChain, Hugging Face ou équivalents).
• Expérience en gestion et interrogation de graphes de connaissances (RDF / S, OWL, SPARQL, SHACL).
• Expérience souhaitée en visualisation de données et interfaces utilisateur pour la recherche scientifique.
• Compétence en évaluation des performances de systèmes d’agents IA.

Compétences en gestion de projet

• Expérience en gestion et conduite de projets de recherche.
• Expérience en gestion de bases de code collaboratives et ouvertes.
• Expérience en organisation de réunions.
• Compétence en organisation d’événements scientifiques.

Compétences relationnelles

• Capacité à travailler en équipe et à collaborer avec des chercheurs de différents domaines et différentes cultures.
• Aptitude à vulgariser des concepts complexes pour divers publics.
• Esprit d’initiative et d'autonomie.
• Maîtrise de l’anglais scientifique (oral et écrit).

Contexte de travail

Le poste est basé à l’Institut de Chimie de Nice, au sein de l’HolobiomicsLab dirigé par le Dr. Louis-Félix Nothias (Equipe D2MS), en étroite collaboration avec le Dr. Fabien Gandon (Wimmics, 3iS, INRIA) et en interactions régulières avec les autres équipes partenaires en France et en Suisse. Si cela est souhaité, le lieu de travail principal pourra être une équipe associée à l’Institut Interdisciplinaire d’Intelligence Artificielle (3IA) à Sophia-Antipolis. Le / la candidat(e) travaillera en étroite collaboration avec des spécialistes en IA et en métabolomique pour développer et tester l’assistant de recherche. Des déplacements ponctuels en France et Suisse sont à prévoir pour les réunions de projet et les conférences scientifiques.

Contraintes et risques

Travail sur des bases de code collaboratives et de grandes bases de données, nécessitant une rigueur particulière en gestion des données et dans la coordination des communications.

Adaptation à un environnement de recherche international et collaboratif.

Respect des délais de production scientifique et technique.

Déplacements ponctuels pour la coordination du projet et la participation à des conférences.